Iniciou a sua actividade em 1995, então sob a direção da maestrina Paula Coimbra, com o objectivo de estimular a prática do canto coral entre os mais jovens, divulgar o repertório de música coral em língua portuguesa e incentivar os compositores portugueses a comporem para vozes brancas. Estreou-se em Junho desse ano, no Concerto Anual da Academia de Amadores de Música (AAM), no Teatro Nacional de São Carlos.
Em 1996, gravou o CD Loik, editado pela própria Academia de Amadores de Música, com o patrocínio da Caixa Geral de Depósitos.

Além de participar nas Audições de Alunos e Concertos realizados pela AAM, o coro é regularmente convidado por várias instituições, nomeadamente no Teatro Nacional deS. Carlos, Teatro de S. Luís, Assembleia da República, Procuradoria-Geral da República, Presidência Portuguesa do Conselho Europeu e Palácio Foz. Participa ainda em eventos como o Festcsant em Girondella/Catalunha (1997), 5o Festival, Internacional de Música Polifónica da Festa dos Tabuleiros de Tomar (1999), Porto 2001 para integrar o elenco de War Requiem de Britten, Encontros de Coros Infantis-Juvenis de Torres Novas, Música no Palácio do Palácio de Queluz.​

Cruzaram-se também com a música dramática, integrados no elenco das óperas para a infância, produzidas pela Academia de Amadores de Música: Athanor de Claude-Henry Joubert (1997) e Tutti fan frutti de Claude-Henry Joubert (1998) (cantadas em português com tradução do poeta Hélder Moura Pereira); Eloise de Karl Jenkins (1999) e A Arca de Noé de Benjamim Britten (2000) (cantadas em inglês, língua original).

Participam regularmente nas produções do Teatro Nacional de S. Carlos que, desde 1997, convida o coro para assuas Temporadas Lírica e Sinfónica, integrando desde 1997, o elenco coral de obras como a Suor Angélica (1997), Carmen de Bizet (2001 e 2011), Boris Godunov (2001), Jeanne d`Arc au bûcher (2003), La Bohème (2009, 2019 e 2022), além da participação no Festival ao Largo e nos Concertos de Natal no Foyer do TNSC.

Em colaboração com a CNB, participaram no Bailado Quebra-Nozes (2020), no Teatro Camões.

Em 2023 participaram no Festival Antena 2, no CCB.

O Coro apresenta uma sonoridade própria pela faixa etária dos coralistas,
compreendida entre os 10 anos e os 16 anos, o que implica, todos os anos letivos, uma renovação gradual de alguns dos seus elementos, de acordo com o ritmo normal do crescimento juvenil e consequente mudança de voz. Ao longo dos seus 24 anos de existência, o Coro dos Pequenos Cantores da AAM alargou o seu repertório. Para além da música em língua portuguesa, interpreta também música coral de tradição europeia e outros géneros musicais. Entre 2002 e 2023 este agrupamento esteve sob a direcção do maestro Vítor Paiva, estando actualmente entregue ao Maestro Hugo Rosário.